W przypadku tego rodzaju zasobów naturalnych ciepło wody jest ponownie wykorzystywane. W porównaniu z poprzednim systemem ma jednak tę wadę, że temperatura wody przez długi czas jest niższa niż 5°C, co uniemożliwia jej bezpośrednie schłodzenie. Dlatego stosuje się system wymienników (węże PE), który umieszcza się w korycie rzeki lub na dnie dużego zbiornika wodnego. Układ wymiennika ciepła jest wypełniony płynem niezamarzającym.
Takie wykorzystanie musi być zatwierdzone przez Zarządzającego Strumieniem, którym jest zwykle Zlewnia, do której wpływa dany strumień wody, Administracja Melioracji lub Urząd Miejski. Ten system nie jest zbyt powszechny, ale jest doskonałym źródłem energii. Jednak wykorzystanie bieżącej wody ma swoją specyfikę i wymaga dokładnego obliczenia wielkości wymiennika ciepła dla każdego indywidualnego przypadku.
